Adquisición de competencias en Bioinformática a través del Trabajo de Fin de Grado en el grado en Veterinaria

  • Beatriz Gutiérrez Gil Departamento de Producción Animal, Facultad de Veterinaria, Universidad de León
  • Aroa Suarez Vega, Dr.
  • Juan José Arranz Santos, Dr.

Resumen

Adquisición de competencias en Bioinformática a través del Trabajo de Fin de Grado en el grado en Veterinaria

Gaining Bioinformatics skills through the End of Degree Project in Veterinary Medicine?
Gutiérrez-Gil, B.1; Suarez-Vega A. 1; Arranz, J.J.1   
1 Departamento Producción Animal. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.
Correo electrónico: beatriz.gutierrez@unileon.es (Gutiérrez, B.)
Introducción
La Bioinformática puede definirse como la aplicación de técnicas de la informática (computer science) para la resolución de problemas biológicos complejos. Una de las ramas más importantes de la bioinformática es el análisis de genomas y transcriptomas a partir del desarrollo de las técnicas de secuenciación masiva paralela (NGS, del inglés Next Generation Sequencing) (Metzker, 2010). Entre los logros más importantes destaca la consecución del genoma de todas las especies de interés Veterinario y la posibilidad de utilización de esta información en Medicina humana y Veterinaria (Goddardt, 2003). El análisis bioinformático de los datos genómicos se realiza con programas que no están basados en los sistemas operativos más habituales (Windows) sino en programas libres diseñados para entorno Linux (Unix) y en la utilización de la línea de comandos. Dado la falta de familiarización de los estudiantes del Grado de Veterinaria con el entorno Linux, y previendo la bioinformática como una potencial salida profesional para algunos de los futuros graduados en Veterinaria, nuestro Grupo de Innovación Docente (GID) de la Universidad de León (ULE), ha realizado varias ofertas de Trabajos de Fin de Grado (TFG) expresamente diseñados para la adquisición de competencias en el campo del análisis bioinformático de datos.
Métodos
Para la realización de los TFGs propuestos por nuestro grupo, se definen cuatro fases asociadas a los correspondientes objetivos específicos planteados de manera secuencial para la adquisición de las competencias mencionadas: (i) Adquisición de competencias básicas en el entorno Linux y la programación en lenguaje Shell scripting y lenguaje R; (ii) Familiarización con los programas bioinformáticos específicos; (iii) Utilización de bases de datos públicas; (iv) Desarrollo de competencias avanzadas, tanto en el uso del entorno Linux/R como específicamente en lo relativo a los programas de análisis bioinformático. Esta cuarta fase es opcional, es decir no requerida para la defensa del TFG, y dependiendo su consecución de las circunstancias y grado de interés del alumno en la materia.
Resultados y Discusión
Aunque el planteamiento del tipo de TFGs aquí descritos como GID oficial de la ULE está en sus fases iniciales, los docentes integrantes del mismo ya han supervisado un TFG del Grado de Veterinaria que podría encuadrarse dentro del objeto de interés de este trabajo. Además, el grupo ha supervisado otros cuatro TFGs de este tipo en el grado de Biotecnología (Gutiérrez-Gil et al., 2017). En concreto, el TFG planteado en el Grado de Veterinaria se basó en la identificación de variantes genéticas a partir del análisis de 72 genomas completos de diversas razas ovinas (Gutiérrez-Gil et al., 2016). La aplicación de las cuatro etapas diseñadas implica una fase de autoaprendizaje seguida de tutorías para la familiarización del estudiante con el sistema operativo y los programas bioinformáticos. Según nuestra experiencia el proceso de motivación individual es importante llevando incluso a la búsqueda de especializaciones de postgrado en esta área (Gutiérrez-Gil et al., 2017). La calificación de estos trabajos refleja la consecución del objetivo de adquisición de competencias en el ámbito de la bioinformática de una manera exitosa.
Conclusiones
Las propuestas de TFGs relacionados con la Bioinformática parecen ser una interesante forma de proporcionar a los estudiantes del Grado de Veterinaria la oportunidad de familiarizarse con programas de análisis bioinformático y de valorar el inicio de especializaciones de postgrado relacionadas con este capmpo.
Referencias
Bai Y, Sartor M, Cavalcoli J (2012). Current status and future perspectives for sequencing livestock genomes. Journal of Animals Science and Biotechnology 3: 8.
Goddardt ME (2003). Animal breeding in the (post-) genomic era. Animal Science 76: 353-365.
Gutierrez-Gil B, Marina H, Esteba-Blanco C, Suarez-Vega A, Arranz J.J (2016). Study of the genetic variability of teh ovine CNS3 gene based on whole genome sequencing information from nine breeds of domestic sheep (Ovis aries) and three mouflon species. En Livestock Genomics. Cambridge, Reino Unido. p. 23.
Gutierrez-Gil B, Suárez-Vega A, Bayón Y, de la Fuente LF, Arranz J.J (2017). End-of- degree and end-of- master projects as exploratory opportunities for students to assess research and science transference as job options: the university of león animal breeding group experience.
Metzker ML (2010). Sequencing technologies - the next generation. Nature Review Genetics 11: 31-46.
 
Palabras clave: Bioinformática; Secuenciación Masiva paralela: Trabajo Fin de Grado; Linux.
Publicado
2017-06-20
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GUTIÉRREZ GIL, Beatriz; SUAREZ VEGA, Aroa; ARRANZ SANTOS, Juan José. Adquisición de competencias en Bioinformática a través del Trabajo de Fin de Grado en el grado en Veterinaria. VetDoc. Revista de Docencia Veterinaria, [S.l.], v. 2, n. 2, p. 155-156, jun. 2017. ISSN 2445-1754. Disponible en: <http://vetdoc.es/index.php?journal=vetdoc&page=article&op=view&path%5B%5D=170>. Fecha de acceso: 25 nov. 2017